Jeżeli dokument jest napisany zgodnie z regułami sztuki, to nie są wymagane inne zabiegi -- wszystkie odwołania do etykiet, bibliografii, numery stron w skorowidzu, pozycje w spisach staną się automatycznie odwołaniami hipertekstowymi (lokalnymi). Oprócz tego możemy umieszczać odwołania do dokumentów zewnętrznych i definiować etykiety globalne, na które można się powołać w innych dokumentach.
Odsyłacze, jak i  miejsca etykietowane mogą być wyróżnione  kolorem
lub obwódką. 
Sposób oznaczania określamy za pomocą 
parametrów sterujących (opcji). Nadawanie wartości
parametrom odbywa się w następujący sposób:
\usepackage[opcja={wartość},
opcja={wartość},
...
opcja={wartość}]{hyperref}
Możemy również utworzyć zbiór hyperref.cfg  
i umieścić w nim wartości parametrów. W tym celu należy  
utworzyć poniższą konstrukcję:
\hypersetup{
opcja={wartość}},
...
opcja={wartość}}
}
Jak łatwo się domyśleć najpierw analizowany jest zbiór hyperref.cfg,
a następnie parametry podawane przy wywołaniu pakietu.
Pakiet hyperref, w przypadku użycia opcji colorlinks, dołącza pakiet color (oczywiście można pakiet ten dołączyć niezależnie). Dołączany jest również pakiet url -- adresy prezentowane za pomocą polecenia url stają się automatycznie połączeniami hipertekstowymi.
W przypadku dołączenia pakietu xr (z pakietem hyperref
dostarczana jest zmodyfikowana wersja
tego pakietu) dostępne jest polecenie \externaldocument.
Ogólna postać wywołania wygląda następująco:
\externaldocument[prefix]{document}[URL]
gdzie:
| kategoria | nazwa funkcji | 
| File | Open, Close, Scan, Save, SaveAs, Optimizer:SaveAsOpt, Print, PageSetup, Quit | 
| ImportImage, ImportNotes, AcroForm:ImportFDF | |
| ExportNotes, AcroForm:ExportFDF | |
| GeneralInfo, OpenInfo, FontsInfo, SecurityInfo, Weblink:Base, AutoIndex:DocInfo | |
| GeneralPrefs, NotePrefs, FullScreenPrefs, Weblink:Prefs, AcroSearch:Preferences (Windows) lub AcroSearchPrefs (Mac), Cpt:Capture | |
| Edit | Undo, Cut, Copy, Paste, Clear, SelectAll, Ole:CopyFile, TouchUp:TextAttributes, TouchUp:FitTextToSelection, TouchUp:ShowLineMarkers, TouchUp:ShowCaptureSuspects, TouchUp:FindSuspect, Properties | 
| AcroForm:Duplicate, AcroForm:TabOrder | |
| Document | Cpt:CapturePages, AcroForm:Actions, CropPages, RotatePages, InsertPages, ExtractPages, ReplacePages, DeletePages, NewBookmark, SetBookmarkDest, CreateAllThumbs, DeleteAllThumbs | 
| View | ActualSize, FitVisible, FitWidth, FitPage, ZoomTo, FullScreen, FirstPage, PrevPage, NextPage, LastPage, GoToPage, GoBack, GoForward, SinglePage, OneColumn, TwoColumns, ArticleThreads, PageOnly, ShowBookmarks, ShowThumbs | 
| Tools | Hand, ZoomIn, ZoomOut, SelectText, SelectGraphics, Note, Link, Thread, AcroForm:Tool, Acro_Movi:MoviePlayer, TouchUp:TextTool, Find, FindAgain, FindNextNote, CreateNotesFile | 
| AcroSrch:Query, AcroSrch:Indexes, AcroSrch:Results, AcroSrch:Assist, AcroSrch:PrevDoc, AcroSrch:PrevHit, AcroSrch:NextHit, AcroSrch:NextDoc | |
| Window | ShowHideToolBar, ShowHideMenuBar, ShowHideClipboard, Cascade, TileHorizontal, TileVertical, CloseAll | 
| Help | HelpUserGuide, HelpTutorial, HelpExchange, HelpScan, HelpCapture, HelpPDFWriter, HelpDistiller, HelpSearch, HelpCatalog, HelpReader, Weblink:Home, About (Windows) | 
\hyperlink{etykieta}{\epsfig{figure=picture,height=1in}}
\hyperref{file:test2.pdf}{equation}{1}{hello}
\hyperdef{equation}{1}{hello}
\PDFPage{/Next}{następna strona}
| Opcja | Opis | 
|---|---|
| 4 | Włączenie rozszerzeń wersji 4 Acrobata??? (Acrobat 4.05 sygnalizuje błąd przy wczytaniu dokumentu wygenerowanego przez pdflatexa) | 
| draft | wyłącza wszystkie opcje hipertekstowe | 
| debug | daje informacje o hiperreferencjach | 
| a4paper | wyjściowy format papieru (210x297 mm) | 
| a5paper | wyjściowy format papieru (148x210 mm) | 
| b5paper | wyjściowy format papieru (176x250 mm) | 
| letterpaper | wyjściowy format papieru (8.5x11 in) | 
| legalpaper | wyjściowy format papieru (8.5x14 in) | 
| executivepaper | wyjściowy format papieru (7.25x10.5 in) | 
| Opcja (po = wartość domyślna) | Opis | 
|---|---|
| raiselinks={false} | dla niektórych driwerów ustawia sposób wyróżnienia opisu odsyłacza -- kolor albo obniżenie tekstu | 
| breaklinks={false} | włącza/wyłącza możliwość złamania linii w tekście opisującym link (np. pozycja spisu treści) | 
| pageanchor={true} | włącza/wyłącza automatyczne hiper etykietowanie stron etykietą w postaci: page.numer strony; jeśli zostanie wyłączona spis treści nie będzie realizował hiperodwołań | 
| plainpages={true} | ustawia jak mają być reprezentowane numery stron w etykietach hipertekstowych; zawsze jako liczba (bez względu na sposób wizualizacji) lub tak jak określa to makro thepage | 
| nesting={false} | nie używana | 
| hypertexnames={true} | nazwami hiperodwołań są nazwy LaTeXowe, a nie nazwy liczników -- bardzo elitarna opcja!! | 
| bookmarkstype={toc} | wprowadza do zbioru zakładek listę obiektów wprowadzanych do danego zbioru (toc -- spis treści; nie udało mi się osiągnąć pozytywnego efektu dla typów różnych od toc (np: lof -- spis rysunków) | 
| implicit={true} | ???????? | 
| naturalnames={false} | ???? | 
| frenchlinks={false} | oprócz koloru, wyróżnikiem hiperodwołania jest skład z użyciem czcionki CapSmall ma to znaczenie wtedy, kiedy opis hiperwołania jest tekstem, w przypadku spisu treści zamiana na skład czcionką CapsSmall odbywa się dopiero powyżej 1 poziomu (section)!? | 
| Opcja | Program przetwarzający | 
|---|---|
| pdftex | pdftex'a | 
| hyperref | nic nie robi | 
| tekstures | |
| htex4ht | htex4ht.def | 
| dvipdf | hdifpdf.def -- dla programu Lesenko | 
| dvipdfm | dla programu dvipdfm | 
| nativepdf | hdvips.def pdfmark.def -- dla dvips'a | 
| pdfmark | synonim do dvipsef | 
| dvips | dvips | 
| hypertex | xdvi, dvips (z opcją -z) i OzTeX | 
| dviwindo | windowsowa przeglądarka Y&Y (włącza opcję colorlinks) | 
| latex2html | skrypt perlowy latex2html | 
| ps2pdf | przetwarzanie Ghostscript-em | 
| dvipsone | dvipsone | 
| Opcja (po = wartość domyślna) | Opis | 
|---|---|
| extension={???} | ciąg znaków dodawany do nazwy zbioru określonego przez polecenie (związany z funkcją pakietu xr -- znak . dodawany jest automatycznie) | 
| hyperfigures={false} | ???????? p. hyperimages | 
| backref={false} | jeżeli po każdej pozycji bibliograficznej wystąpi pusta linia to dodawana jest lista numerów sekcji (section) w których występowało powołanie się tę pozycję bibliograficzną (opcje backref i pagebackref nie mogą być razem aktywne) | 
| pagebackref{false} | na końcu każdej pozycji bibliograficznej dodawana jest lista stron na których wystąpiło powołanie się na tę pozycję (opcje backref i pagebackref nie mogą być razem aktywne) | 
| linktocpage={false} | odsyłaczem (polem aktywnym) w spisie staje się numer strony, a nie tytuł | 
| hyperindex={true} | ????? włącza/wyłącza realizację hiperodwołań dla pozycji skorowidza | 
| colorlinks={false} | włącza/wyłącza kolorowanie odsyłaczy (jeśli true dołączany jest pakiet color) | 
| linkcolor={red} | kolor czcionki wyświetlania normalnych odsyłaczy | 
| anchorcolor={black} | miejsca etykietowane są wyświetlane czcionką o tym kolorze | 
| citecolor={green} | kolor czcionki wyświetlania odsyłacza do bibliografii | 
| filecolor={cyan} | kolor czcionki dla odsyłacza do zbioru -- (polecenie href odwołujące się do zbioru) | 
| menucolor={red} | kolor czcionki wyświetlania menu przeglądarki PDF-ów | 
| pagecolor={red} | nie zauważyłem skutków działania -- wydaje się być nieużywana | 
| urlcolor={magenta} | kolor czcionki wyświetlania odsyłacza do dokumentu internetowego | 
| bookmarks={true} | jest generowany i dołączany zbiór definiujący zakładki (jeżeli wartość opcji jest false to nie jest on dołączany mimo, że już istnieje) | 
| bookmarksopen={false} | włącza/wyłącza rozwijanie wszystkich poziomów zakładek | 
| bookmarksnumbered={false} | w zakładkach pojawią się również numery rozdziałów, a nie tylko tytuły | 
| bookmarksopenlevel={\maxdimen} | ???? określa poziom rozwinięcia zakładek po załadowaniu dokumentu; wartością parametru jest liczba (a nie długość) określająca poziom i nie wiem dlaczego wartością domyślną jest /maxdimen | 
| pdfhighlight={/I} | zmienia sposób stylizacji ,,przycisków'' przy ich ,,naciśnięciu'' (/I -- inwersja, /N -- bez zmian, /O -- outline, /P -- podświetlenie) | 
| citebordercolor={0 1 0} | kolor (RGB; nie może być użyta nazwa TeX-owa) ramki obejmującej pozycję cytowaną (aktywna jeśli wyłączona jest opcja colorlinks) | 
| filebordercolor={0 .5 .5} | kolor (RGB; nie może być użyta nazwa TeX-owa) ramki obejmującej opis odsyłacza do zbioru (aktywna jeśli wyłączona jest opcja colorlinks) | 
| linkbordercolor={1 0 0} | kolor (RGB; nie może być użyta nazwa TeX-owa) ramki obejmującej opis odsyłacza (aktywna jeśli wyłączona jest opcja colorlinks) | 
| menubordercolor={1 0 0} | kolor (RGB; nie może być użyta nazwa TeX-owa) ramki obejmującej opis menu definiowanego poleceniem AcrobatMenu (aktywna jeśli wyłączona jest opcja colorlinks) | 
| pagebordercolor={1 1 0} | kolor (RGB; nie może być użyta nazwa TeX-owa) ramki opisu odsyłacza dla polecenia PDFPage (aktywna jeśli wyłączona jest opcja colorlinks) | 
| urlbordercolor={0 1 1} | kolor (RGB; nie może być użyta nazwa TeX-owa) ramki obejmującej opis odsyłacza do adresu definiowanego przez polecenie url (aktywna jeśli wyłączona jest opcja colorlinks) | 
| pdfborder={0 0 1} | kolor ramki (RGB; nie może być użyta nazwa TeX-owa) otaczającej opis odsyłacza dla poleceń PDFNextPage, PDFPreviousPage i PDFPage (aktywna jeśli wyłączona jest opcja colorlinks) | 
| baseurl={???} | nie zauważyłem skutków działania | 
| pdfpagemode={UseOutlines} | ustawia tryb pracy przeglądarki; może
przyjmować następujące wartości: 
 | 
| pdftitle={tytuł} | tytuł dokumentu -- pojawia się w ,,document info'' przeglądarki PDF-ów | 
| pdfauthor={autor} | autor dokumentu -- pojawia się w ,,document info'' przeglądarki PDF-ów | 
| pdfsubject={opis} | pojawia się w ,,document info'' przeglądarki PDF-ów | 
| pdfcreator={LaTeX with hyperref package}} | |
| program za pomocą którego został utworzony zbiór -- pojawia się w ,,document info'' przeglądarki PDF-ów | |
| pdfproducer={dvips + Distiller}} | |
| program który wygenerował PDF-a (może być inna wartość; zależy to od użytych deklaracji driverów) -- pojawia się w ,,document info'' przeglądarki PDF-ów | |
| pdfkeywords={słowa kluczowe} | lista słów kluczowych pojawia się w ,,document info'' przeglądarki PDF-ów | 
| pdfview={FitBH} | ??? | 
| pdfstartpage={1} | numer strony początkowej, pokazywanej przez przeglądarkę PDF-ów | 
| pdfstartview={Fit} | ??? | 
| pdfpagescrop={n n n n} | ????? | 
| pdfcenterwindow={False} | strona dokumentu powinna być wycentrowana w oknie przeglądarki???? | 
| pdffitwindow={false} | strona dokumentu jest skalowana tak, aby maksymalnie wypełnić okno przeglądarki |